Il existe des EPCI sans fiscalité propre et des EPCI dotés d’une fiscalité propre.
Les EPCI sans fiscalité propre (syndicats) sont, par définition, dépourvus de tout pouvoir en matière fiscale (pas de vote des taux). Leurs ressources sont constituées soit d’une contribution budgétaire (les communes allouent les ressources nécessaires au fonctionnement de l’EPCI), soit d’une contribution fiscalisée (des taux additionnels aux taxes directes locales calculés par l’administration, sur la base du produit voté par le syndicat, s’ajoutent aux taux votés par la commune).
Parmi les EPCI à fiscalité propre, on distingue les EPCI à fiscalité professionnelle unique (FPU) (les métropoles, la plupart des communautés urbaines, les communautés d’agglomération et les syndicats d’agglomération nouvelle) et les EPCI à fiscalité additionnelle (la plupart des communautés de communes appliquent, en principe, la fiscalité additionnelle mais peuvent opter pour la FPU).
Dans le cadre de la fiscalité professionnelle unique, à l’instar de ce qui se pratiquait pour la taxe professionnelle, les EPCI se substituent à leurs communes membres pour l’application des dispositions relatives à l’ensemble de la fiscalité professionnelle : ils perçoivent ainsi la contribution économique territoriale (CET, composée de la cotisation foncière des entreprises [CFE] et de la cotisation sur la valeur ajoutée des entreprises [CVAE]), mais également les impositions forfaitaires de réseau (IFER) dont tout ou partie des composantes revient au bloc communal, et la taxe sur les surfaces commerciales (TASCOM). Ils ont, dans ce cadre, la faculté de moduler le taux de la CFE et le coefficient multiplicateur de la TASCOM.
Ils perçoivent également, de plein droit, la taxe additionnelle à la taxe foncière sur les propriétés non bâties.
Enfin, si les communes continuent, dans le régime de FPU, de voter des taux de taxe d’habitation (TH), de taxe foncière sur les propriétés bâties (TFPB), taxe foncière sur les propriétés non bâties (TFPNB), et d’en percevoir le produit, l’EPCI vote également des taux additionnels sur chacune de ces taxes.
Le passage à la FPU peut donner lieu à un processus d’intégration des taux de CFE et des taxes reposant sur les ménages. Les taux applicables sur chaque commune convergent progressivement pendant plusieurs années, avant d’aboutir à un taux unifié. Une intégration des taux peut également avoir lieu en cas d’adhésion de nouvelles communes à l’EPCI ou de fusion d’EPCI.
Dans le cadre de la fiscalité additionnelle, l’EPCI vote des taux en matière de taxes directes locales sur les ménages (TH, TFPB, TFPNB) et de CFE, qui s’ajoutent aux taux communaux. L’EPCI partage également avec les communes la perception de la CVAE, des IFER et de la TASCOM. Le produit de ces impositions intercommunales alimente le budget de l’EPCI. Ces groupements peuvent également, dans certaines conditions, instaurer une fiscalité professionnelle de zone ou une fiscalité éolienne unique. Dans ce cadre, ils perçoivent l’intégralité de la fiscalité professionnelle sur le territoire de la zone d’activités économiques ou afférente aux éoliennes terrestres implantées sur leur territoire.
En outre, un EPCI à fiscalité propre peut, sous certaines conditions, se substituer à ses communes membres pour la perception de l'imposition forfaitaire annuelle sur les pylônes prévue à l'article 1519 A du CGI, de la taxe de balayage prévue à l'article 1528 du CGI, de la taxe sur les friches commerciales prévue à l'article 1530 du CGI, et de la taxe pour la gestion des milieux aquatiques et la prévention des inondations prévue à l'article 1530 bis du CGI.
A noter : les services de la direction départementale ou régionale des Finances publiques sont en mesure d’informer les communes sur les conséquences fiscales de la création d’un EPCI, de l’évolution de son périmètre ou du passage de la fiscalité additionnelle à la FPU. Ils disposent pour ce faire d’un outil de simulation.